Einige Nebenprodukte, die beim Auspressen des Zuckerrohrs entstehen, werden bei Bacoo abgeschieden und für die Weiterverwendung gelagert. Die Überreste des Rohrs werden verbrannt und mit der Heizkraft Strom für den Betrieb generiert. Asche und Biomasse werden mit Abwasser vermischt. So entsteht Dünger für die Zuckerrohrfelder rund um die Rum-Brennerei.
Das bei der Gärung entstehende CO2 wird eingefangen, abgefüllt und an Getränkehersteller verkauft, die daraus Kohlensäure herstellen. Aus dem fermentierten Saft wird der Alkohol für Bacoo gebrannt. Die Produktionsanlage von Bacoo ist eine der umweltfreundlichsten unter den großen autarken Rumfabriken der Welt.